調査の結果
C:\Documents and Settings\xxxx\Local Settings\Application Data\Apple Computer\safari
xxxxはユーザ名称のフォルダを削除する事で、フォントキャッシュが削除される事が分かりました。
どうやらSafari君、高速化の為かフォントをキャッシュしているようですね...
追記1：
削除は自己責任でお願いします。
追記2：
WebKitPreferences.plistに設定するフォント名は、上のフォルダにあるFonts.plist内に指定されている別名で指定すれば、「ＭＳ ゴシック」のようなフォント(MS-Gothic)も設定出来ると思います。