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peco に custom-matcher という仕組みを入れて頂きました。

User CustomMatcher by mattn - Pull Request #65 - lestrrat/peco - GitHub
https://github.com/lestrrat/peco/pull/65

~/.config/peco/config.json に以下の様に CustomMatcher を追加します。 {
    "CustomMatcher": {
        "C/Migemo": [
            "c:/dev/peco-cmigemo/peco-cmigemo.exe",
            "$QUERY"
        ]
    }
}
例は Windows ですが、unix でも動きます。配列部分は実行するコマンド引数になり、$QUERY がクエリになります。
CustomMatcher は自作する事が出来ます。標準入力から行を読み込み、引数をパターンとして絞りこんだ結果を標準出力に吐き出せばOKです。いわゆる自前 grep ですね。
以下のリポジトリに cmigemo を使った CustomMatcher を置きました。

mattn/peco-cmigemo - GitHub
https://github.com/mattn/peco-cmigemo

これをビルドした実行モジュール peco-cmigemo と cmigemo が使う辞書(UTF-8である必要があります)は同じ位置に dict/migemo-dict という形で置く必要があります。

欲しかった機能の殆どが peco に入ってきたし、かなり便利になった。