peco に custom-matcher という仕組みを入れて頂きました。
User CustomMatcher by mattn - Pull Request #65 - lestrrat/peco - GitHub
https://github.com/lestrrat/peco/pull/65
~/.config/peco/config.json に以下の様に 
CustomMatcher を追加します。
{
    "CustomMatcher": {
        "C/Migemo": [
            "c:/dev/peco-cmigemo/peco-cmigemo.exe",
            "$QUERY"
        ]
    }
}
例は Windows ですが、unix でも動きます。配列部分は実行するコマンド引数になり、
$QUERY がクエリになります。
CustomMatcher は自作する事が出来ます。標準入力から行を読み込み、引数をパターンとして絞りこんだ結果を標準出力に吐き出せばOKです。いわゆる自前 grep ですね。
以下のリポジトリに cmigemo を使った CustomMatcher を置きました。
mattn/peco-cmigemo - GitHub
https://github.com/mattn/peco-cmigemo
これをビルドした実行モジュール 
peco-cmigemo と cmigemo が使う辞書(UTF-8である必要があります)は同じ位置に 
dict/migemo-dict という形で置く必要があります。
欲しかった機能の殆どが peco に入ってきたし、かなり便利になった。